Thunderbird, ein eigentlich cooler EMail Client allerdings hat er einige Ecken und Kanten:
Eine davon ist, dass er Standardmäßig nur den Posteingang auf neue Emailscheckt.
Wenn man all seine neuen Emails in den Posteingang bekommt ist das ja okay,
allerdings gibt es Mailserver die Emails Anhand von Regeln vorsortieren.
Einer der das kann ist z.B. Gmail.
Im Fall eines solchen Servers ist es ungut, dass Thunderbird nur die Inbox auf neue Emails Checkt.
Glücklicherweise kann man Thunderbird anweisen alle IMAP-Ordner zu prüfen,
allerdings nur in dem man in die Abgründe der Config einsteigt.